Una veintena de estudiantes de postgrado e investigadores jóvenes se congregaron el lunes 26 de enero en el Centro de Biotecnología de la Universidad de Concepción para participar de EpiAqua, curso organizado por el Centro INCAR² y COPAS Coastal.
La iniciativa que explora los últimos avances de la epigenómica aplicada a la acuicultura comenzó con el saludo del Subdirector de COPAS Coastal, Dr. Fabián Tapia, y del Director de INCAR², Dr. Cristian Gallardo-Escárate, para luego dar paso a la charla magistral «Shellfish Environmental Memory Beyond Epigenetics», del Académico de la Universidad de Washington, Dr. Steven Roberts.
En su presentación el Dr. Roberts hizo referencia a la iniciativa que encabeza y busca la restauración de ostras nativas en Estados Unidos. “La Epigenética es una herramienta vital para entender cómo se adaptan los organismos acuáticos, especialmente en escenarios de cambio climático, contribuyendo así a la restauración de diferentes organismos”, explicó.
Posteriormente, la Dra. Yeny Leal, guió el Genomic Boot Camp, «Herramientas de Visualización NGS». El trabajo se realizó utilizando Idep (Integrated Differential Expression and Pathway Analysis), un servidor web que integra control de calidad, análisis estadístico, visualización avanzada y análisis funcional dentro de un mismo entorno. Adicionalmente se empleó ShinyGO, una plataforma web interactiva especializada en análisis de enriquecimiento funcional, que permite explorar ontologías GO, rutas KEGG y redes funcionales a partir de listas de genes.
“El uso complementario de Idep y ShinyGO permite comparar estrategias de análisis funcional y reforzar la interpretación biológica de los resultados transcriptómicos”, expreso la Dra. Leal.
La jornada de la tarde en EpiAqua comenzó con la presentación «Sea Lice Epigenomics», del Director del Centro INCAR², Dr. Cristian Gallardo-Escárate, en la que destacó la importancia de la herramienta epigenómica en la acuicultura en el combate contra el Caligus.
“La epigenómica está cada vez ganando más importancia y actualmente hay tecnologías que permiten estudiar y entender cómo se adaptan los recursos genéticos. Actualmente estamos tratando de entender los mecanismos que son importantes para la determinación sexual en Caligus, un área que queremos desarrollar desde INCAR como una alternativa de control a través de la edición génica experimental», añadió el Director de INCAR², Dr. Cristian Gallardo-Escárate.
Finalmente, EpiAqua cerró su primera jornada con un Camp Boot sobre Secuenciación de Nanopore, actividad práctica realizada en el Laboratorio de Biotecnología y Genómica Acuícola (LBGA) de INCAR, y dirigida por la Investigadora Principal de INCAR², Dra. Valentina Valenzuela-Muñoz.
En ella, los estudiantes se familiarizaron con el equipo y aprendieron a preparar y cargar el equipo para hacer la secuenciación. “A través del trabajo práctico en el laboratorio, mostramos las diferencias entre las dos plataformas que nosotros tenemos, MinION y PromethION, para que puedan conocer las características de cada equipo, su rendimiento y las librerías que se pueden utilizar en cada uno”, finalizó la Dra. Valenzuela.
