Investigación entre centros de Australia y Chile encontró nuevos biomarcadores para virus que afectan a Salmón Atlántico

Un estudio de Investigadores de la Agencia de Investigación Aplicada de Australia, (CSIRO, por su sigla en inglés), en colaboración con el Centro Interdisciplinario para la Investigación Acuícola (INCAR), mostró el importante rol de los ARNs no codificantes en la regulación de la expresión de genes asociados a procesos infectivos en salmones del Atlántico. El hallazgo permite contar con biomarcadores que podrían alertar tempranamente sobre el desarrollo de brotes virales en salmones.

La investigación fue liderada por la Dra. Francisca Samsing (CSIRO), junto a Dr. James W. Wynne (CSIRO), y la Dra. Pâmela A. Alexandre (CSIRO), en colaboración con la Dra. Valentina Valenzuela-Muñoz(INCAR), el Dr. Diego Valenzuela-Miranda (INCAR) y el Dr. Cristian Gallardo-Escárate (INCAR). El estudio describe la respuesta molecular de tejido branquial de salmón del Atlántico (Salmo salar) infectado con el ortomixovirus de la sardina (POMV), un virus de la familia del virus ISA, que se ha detectado en dichas especies en Australia, pero que todavía no se encuentra en Chile.

Valentina Valenzuela Muñoz, integrante del centro INCAR, comentó los alcances de esta investigación, en la que su grupo de trabajo realizó el análisis bioinformático de datos provenientes de muestras de peces sanos, de un grupo infectado en un tiempo de 8 a 12 días y otro con infección de 19 días. Estos datos se compararon para encontrar potenciales biomarcadores, los que permitirían una respuesta temprana a un brote de este virus o de otros similares.

“El centro australiano CSIRO fue el que planteó el problema. Ellos buscaban identificar micro RNAs (miRNAs) que asociados a la respuesta de salmón del Atlántico frente a la enfermedad ocasionada por el virus POMV. Los miRNAs son las moléculas que modulan la expresión de los genes y que responden a una determinada enfermedad. Nuestro grupo de investigación, es de los primeros en trabajar y publicar estudios de miRNA en peces salmonidos, y por eso nos pidieron colaboración. Ellos generaron el diseño experimental, el ensayo de infección y tomaron la muestra y nos enviaron los datos de secuenciación para el análisis bioinformático”.

“Entre los hallazgos, encontramos que hay algunos genes que se expresan al inicio de la infección y como este virus es de la misma familia del ISA, se podrían usar como marcadores tempranos del inicio de dicha infección. Eso permite anticipar el brote y tomar medidas de contención mas rápidas que lo que se hizo antes con el ISA. Hoy se usan vacunas en ese caso, pero no hay una metodología que nos permita anticipar. Aquí tenemos que, en menos de ocho días desde producida la infección, podemos encontrar un biomarcador, ver sus cambios de expresión, definir si está presente el virus y si puede haber un brote”.

Valenzuela además comentó que esta investigación es la segunda en la que se puso a prueba una técnica desarrollada por los investigadores chilenos. Se trata de un análisis bioinformático nuevo, denominado Chromosome Genome Expression, que permite “ver los perfiles de expresión en general de un genoma completo, en cada uno de sus cromosomas, frente a distintas condiciones”. En el caso de este artículo, se analizaron los cambios de expresión dentro del genoma en las distintas etapas de la infección. “Es una forma de ver en general lo que está sucediendo, porque normalmente se ven estas expresiones enfocando la evaluación a genes específicos para una respuesta de tipo viral, pero nosotros tratamos de ampliar la mirada”.

En este caso, explicó, el genoma del salmón tiene muchas duplicaciones de genes. Con este análisis, se pudo comprobar que ciertas zonas del genoma se activan ante el virus, y que estas zonas están asociadas a los genes duplicados. “Esto nos ha permitido ver que algunas cosas que antes no nos hacían sentido, con este análisis sí tienen un rol relevante. Podemos así identificar nuevos marcadores que no están asociados a la respuesta especifica a un virus”.

Respecto a la colaboración con CSIRO, Valenzuela comentó que espera seguir trabajando con la autora principal de este estudio, Francisca Samsing, a quien conoce de otros proyectos. “Esperamos seguir colaborando con ellos, dado que son una institución fuerte a nivel internacional en acuicultura”.