Biodata: comienza digitalización de muestras del herbario UdeC

Los tiempos cambian. Y las formas de hacer también.  En los estudios botánicos, por ejemplo, las visitas in situ de especialistas a los herbarios en busca de la planta de su interés se complementan y conviven con los envíos de ejemplares por correspondencia.   Y, ahora, también con el acceso a distancia a las muestras.

La presencia de colecciones biológicas en espacios virtuales es una tendencia mundial a la que se suma, ahora, el Herbario CONC del Departamento de Botánica de la UdeC, a partir de Biodata,  uno de los cuatro programas integradores del Instituto de Ecología y Biodiversidad (IEB) que conduce la UdeC.

La iniciativa se articula con las distintas líneas de investigación que desarrolla IEB, todas vinculadas con la biodiversidad, desde los genes a los ecosistemas, y su interrelación con el ser humano.

El investigador del Departamento de Botánica y responsable de Biodata, Pablo Guerrero Martin, señala que la idea es potenciar la investigación basada en colecciones sobre biodiversidad e integrarla a la era digital y del big data.

“Biodata es un apoyo directo a las actividades del Herbario CONC a través de la contratación de personal, adquisición de equipamiento y habilitación de infraestructura. Esto ha permitido potenciar procesos curatoriales de la colección, actualización de catálogos taxonómicos, potenciar las competencias bioinformáticas en los estudiantes y apoyar al Estado en la necesidad de contar con datos masivos de biodiversidad”, explica el investigador.

El objetivo es crear una plataforma virtual de información sobre especies y ecosistemas chilenos, para lo cual se han definido dos etapas de trabajo, inicialmente con dos herbarios nacionales, a través de dos procesos de digitalización.

“Una es la digitalización 1.0, que consiste básicamente en generar un sistema de imágenes de especímenes de dos herbarios: el de la UdeC, que es el más amplio y bastante representativo de plantas del país, y el de la Universidad de La Serena, que se ha especializado en plantas del desierto”, señala el especialista en evolución, ecología y conservación de angiospermas.

Digitalizar, en este caso, significa obtener imágenes de una muestra de un espécimen herborizado. “Esto quiere decir que es una planta que fue recolectada, esa muestra puede ser una planta entera, si es pequeña, o una rama, si es más grande, con flores y frutos idealmente, y que ha sido prensada, secada y guardada en los estantes de estos herbarios”, indica el Dr. Guerrero.

Es un gran desafío, porque se consideran cientos de miles de especímenes entre los dos herbarios. Por ello se ha conformado un equipo de trabajo dentro del que se cuentan un investigador experto en colecciones biológicas, un ingeniero civil informático, un taxónomo y digitalizadores; a la vez que se han habilitados espacios e infraestructura en torno al herbario y adquirido equipamiento especializado.

“Con este equipamiento hemos organizado un sistema que con un lente conectado a un sistema computacional, que organiza la fotografías, hace la obtención de imágenes lo más rápido posible”, cuenta el investigador.

Las imágenes obtenidas se irán almacenando en servidores locales y en la nube, como respaldo.

La digitalización 2.0, que es la segunda fase, consiste en la integración de la información de las muestras -ubicación, fecha de recolección, etc.-, con datos de acceso libre, en línea, de modo que sea un aporte, por ejemplo, para la toma de decisiones a nivel de políticas públicas en biodiversidad.

“La primera parte es un herbario digital y la segunda es una plataforma de consulta sobre biodiversidad, como una suerte de geo portal donde se podrá cruzar información para generar mapas y análisis”, dice Guerrero.

La meta a cinco años es avanzar en la digitalización 1 y 2 de árboles y arbustos endémicos, los grupos que se han priorizado dentro la iniciativa.

Big data y biología

Programas como Biodata y la necesidad de contar con información asequible sobre los recursos naturales se enmarcan en el contexto de la crisis global de la biodiversidad.

“Necesitamos conocer el estado de ellas (las especies) y saber cuáles son sus tendencias, eso a nivel bien macro; porque en el cumplimiento de estos objetivos, la idea de Biodata es hacer una contribución importante, por ejemplo en la formación a nivel de pre y de postgrado en el área de bioinformática, como en análisis computacional de la biodiversidad”, apunta el investigador.

Este, acota, es un aspecto que no ha sido muy desarrollado en el país y donde la UdeC podría ocupar un lugar relevante, ampliando las posibilidades de desarrollo de los biólogos.

“Se requiere que exista mayor formación en el país, porque estamos hablando de la crisis de biodiversidad, que tiene que ver con análisis complejos y obtener respuestas complejas; son muchos datos, estamos en la era del big data, que también llegó a la biología y si una uno no maneja esas herramientas más sofisticadas finalmente los datos van quedando grandes y se hace medio imposible analizarlos”, asevera.